南京紫金醫(yī)院由第二軍醫(yī)大學南京軍醫(yī)學院腦血管病康復治療中心(1987)發(fā)展而來，1993年經(jīng)南京市衛(wèi)生局批準更名為“南京紫金醫(yī)院”，歷經(jīng)37年發(fā)展，現(xiàn)為三級康復醫(yī)院。南京紫金醫(yī)院與南京腦科醫(yī)院、南醫(yī)大附屬逸夫醫(yī)院等醫(yī)療機構(gòu)組成醫(yī)聯(lián)體，方便患者雙向轉(zhuǎn)診。